La décision émane du contrôle de l'espace aérien , situé sur la base de Lyon-Montverdun. (cf http://fr.wikipedia.org/wiki/Base_a%C3%A9rienne_942_Lyon-Mont_Verdun) C'est de la qu'est surveillé tout le trafic aérien au dessus de l'hexagone. Je suppose que lors d'une procédure d'interception, le gouvernement est prévenu d'une façon ou d'une autre mais la priorité reste d'avoir un appareil sur place pour contrôler la situation. Donc au final, c'est simplement l'équipage de garde ce jour la qui intervient. Dans le cas que tu cites, vu la réactivité dans l'exécution, il semble peut probable que les ordres aient suivi une voie hiérarchique complète ^^
Du coup pour en revenir au sujet, un commandant de base, c'est un gestionnaire de site. Il a donc la responsabilité des gens qui travaillent sur sa base... Mais après je pourrais pas te parler d'une journée type avec mes maigres connaissances.